Su origen parece remontarse al s. I a.C. en un asentamiento
romano, de carácter agropecuario, situado en la cumbre del Charnecal. El topónimo procedería de esta época, de la denominación latina Vila Nova, incorporándose, posteriormente, de las
Cruces, por los
caminos que la cruzaban
La ocupación de la población ha girado en buena parte en torno a la actividad minera de
Tharsis, pero actualmente, la situación es diferente y su economía se basa en la explotación agronadera, siendo de mayor relevancia la
ganadería destacando el
ganado ovino seguido del
porcino.
Villanueva surgió en 1587 a raíz de la existencia de una venta y una
posada situadas en el
camino que iba de
Sevilla a
Portugal. El
pueblo se va consolidando hasta que en el s. XVIII se encuentra con 40
casas y aún seguía manteniendo su posada donde los arrieros y comerciantes podían pasar la
noche. Los vecinos del entonces diminuto núcleo de población se reunían en el mencionado lugar para cambiar y vender los productos de la tierra, realizando toda clase de trueques, tratos y transacciones con los forasteros. Casi a mediados del s. XIX la población del lugar se va organizando y se registra un aumento significativo de la misma. Ello origina la construcción de nuevas viviendas que a su vez obliga a reestructurar y reorganizar lo ya existente en torno al nuevo crecimiento. Es muy posible que el origen del nombre de
Villanueva de las Cruces proceda del propio origen del pueblo al ir construyendo las primeras casas alrededor de la posada y venta: Villanueva. Por lo que se refiere al apelativo de las Cruces , la versión más aceptada se basa en el hecho de que durante los siglos XVI y XVII, los vecinos de esta localidad no sabían leer ni escribir y cuando se veían en la obligación de hacerlo, especialmente a la hora de firmar algún documento, lo hacían con una
cruz. Si no fuera porque cada vecino hacía la cruz de un modo muy personal y de manera diferenciada de los demás , se habría producido más de una confusión.