Los primeros vestigios humanos hallados en esta población datan del calcolítico. De esta época procede el yacimiento de “La Alquería”, constituido por un sepulcro en galería cubierta.
Los
romanos se establecieron en este lugar después de su campaña contra los cartagineses, aunque lo cierto es que los vestigios más importantes proceden no de aquellos años de la República, sino de la etapa del Bajo Imperio, en los últimos siglos del declive y a las
puertas de la invasión bárbara. Existían dos núcleos de población diferenciados por aquel entonces. Transcurrido el lapso visigodo, los moros acudieron al lugar para convertirlo en una avanzadilla fija de la custodia de
Niebla. A tal fin se construyó una fortificación en el
Camino Real. Esta función se compatibilizaba con la del cultivo de los
campos, y en especial de las arboledas de alcornocales y encinares. Tras la Reconquista, pronto pasó a las manos de la
Casa de Medina Sidonia, con la que experimentaría una evidente evolución. Así seguiría, con ese tono vital alto, durante los mejores años de su
historia, los comprendidos en las centurias del s. XVI y el XVII, en pleno apogeo del fenómeno colonizador.
El libro 'Expedientes carcelarios de Villanueva de las
Cruces, Villanueva de los Castillejos y
Villarrasa (
Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.