Las primeras referencias documentales de esta población datan de 1282 en que Sancho IV la entregó al arcediano de Úbeda, don Gonzalo Pérez. La independencia de
Arjonilla como señorío duró poco, pues en 1331, el mismo arcediano la vendió a la villa de
Arjona.
En 1434, Juan II, por Orden Real obligó a la Orden de Calatrava a morar y a reconstruir el
Castillo. En esta época tuvo lugar el episodio de los famosos amores imposibles y desgraciados de Macías y Elvira.
El castillo es el
edificio medieval más representativo de Arjonilla. El elemento más antiguo es la
torre, que en principio estaría aislada. El resto del recinto parece datar del siglo XV y ser obra de la Orden de Calatrava.
En el siglo XVI Arjonilla consiguió la independencia jurisdiccional de Arjona. La nueva condición fue otorgada por Carlos V el 21 de marzo de 1553. El 25 de julio del año siguiente, día de
Santiago Apóstol, se consagró al culto la
iglesia parroquial de la Encarnación. La demarcación territorial provocó largos litigios con la vecina Arjona, un conflicto agudizado con las sucesivas ampliaciones del término arjonillero debido a su aumento de población. En el siglo XVII tenía 3.000 habitantes. La villa contaba ya con ocho
ermitas y el cabildo municipal acordó remodelar la
plaza pública (actual plaza de la Constitución) para ofrecer corridas de
toros, comedias y otros actos. La plaza fue, asimismo, ennoblecida con nuevas construcciones como la
Ermita de Jesús o la
Casa de Don Gabriel García Morente. A espaldas de la iglesia de la Encarnación se levantó la casa del
Juzgado o antiguo
Ayuntamiento.
Desde el mismo siglo XVII y a lo largo del XVIII, el
olivar alcanzó una gran relevancia en su
paisaje agrario, dando pie al inicio de una incipiente industria asentada en
molinos aceiteros, que a finales del siglo XVII eran ya 36.
En 1808 se produjo en el término de Arjonilla una gran batalla contra los franceses, preludio de la posterior batalla de Bailén. En esta lucha participó don José de
San Martín, protagonista en el proceso de independencia de las colonias españolas en América.
Los primeros pobladores de la zona se localizan en el poblado prehistórico de Cerro Venate. Los
romanos eligen la actual Arjonilla para establecerse. Tras este asentimiento se conoce uno visigodo en las
Herrerías. En el siglo X, bajo el poder musulmán, la ciudad perteneció a la misma unidad que Arjona. Más tarde fue conquistada por Fernando III el
Santo y separada de aquella al ser donada a Gonzalo Pérez. En 1397 pasa a pertenecer a Ruy López Dávalos y posteriormente a su hijo, Marqués de Villena. En 1553 le es concedido el título de Villa por Carlos I. Durante el siglo XVIII la villa participó en la Guerra de Sucesión con la aportación de 40 hombres a favor del bando de Felipe V. También tuvo protagonismo la zona en la Guerra de la Independencia, ya en el siglo XIX, al producirse una escaramuza en Amarguillos contra los franceses. La actividad industrial comienza en Arjonilla a principios del siglo XX, favorecida por la instalación del ferrocarril. En lo referente a los sectores económicos que impulsan al municipio destacamos la
agricultura, ya que se trata de una localidad eminentemente agrícola en su territorio, ya que prácticamente, la totalidad de su superficie es tierra de cultivo dominada por el olivar, junto al que se ha desarrollado una potente industria almazarera. La
cerámica decorativa es de gran calidad, variedad y estilo. La cerámica para construcción es actividad industrial y artesanal importante.