Los primeros indicios de la presencia humana en el entorno de
La Iruela datan de La Edad del Cobre (III milenio a C.), con una intensa ocupación hasta la Edad del Bronce.
En la segunda mitad del II milenio a C se produjo un despoblamiento del área, que aún no se explican los investigadores, hasta que en el siglo II a C asistimos a una proliferación de asentamientos. Uno de estos es el de Nubla, que hoy se divisa en el horizonte por restos de fortificación, y que estuvo activo desde el periodo ibérico a época
medieval. La misma actividad se constata en época
romana, el
puente del
Molino que cruza el
río Cañamares se atribuye a este periodo.
Durante el periodo islámico La Iruela debió ser una de las alquerías o pequeñas poblaciones rurales, que poblaban la región, al igual que su vecina
Cazorla. En torno al siglo XI esta población se rodeó de una
muralla, mientras que la cima del promontorio le servía de
refugio.
En 1231 fue conquistada por el arzobispo de
Toledo, don Rodrigo Ximénez de Rada, pasando a formar parte del Adelantamiento de Cazorla, gran señorío construido por el arzobispo y vinculado al arzobispado de Toledo.
En 1294 el arzobispo don Sancho de Castilla, con la intención de reforzar el alfoz de Cazorla, le dio La Iruela como aldea. Pero La Iruela no quiso sujetarse ni obedecer este privilegio dado a Cazorla, provocándose distintos enfrentamientos incluso violentos entre ambas poblaciones. Hacia el año 1366, durante el gobierno del arzobispo don Gome Manrique, militante en el bando de Enrique II, las villas y lugares del Adelantamiento quedaron divididas: mientras Cazorla siguió el partido de Pedro I; La Iruela secundó la política del arzobispo, concediéndole por ello el Villazgo el 28 de junio de 1370. Esta independencia duró poco ya que Cazorla consiguió del mismo arzobispo la anulación del privilegio a La Iruela, volviendo a su condición de aldea el 5 de agosto del mismo año. En 1378 recuperó su "autonomía municipal", con la concesión del privilegio de Villazgo por el arzobispo
don Pedro Tenorio. De esta manera quedó sólo sujeta a la jurisdicción arzobispal de Toledo cuyos prelados nombraban alcaldes, escribanos y demás oficiales de justicia.
Don Francisco de los Cobos, secretario del emperador Carlos V, consiguió que el monarca le traspasara la villa en detrimento de la mitra de Toledo. Estos no aceptaron la pérdida y pleitearon hasta que en 1606 recuperaron la villa. Entre tanto, los Cobos, grandes mecenas en las tierras de su señorío, mandaron edificar en el interior del recinto del
castillo, la
iglesia de
Santo Domingo.
Los arzobispos de Toledo mantuvieron la posesión de esta villa hasta agosto de 1811, en que las Cortes de
Cádiz suprimían la jurisdicción territorial del arzobispado en todo el Adelantamiento de Cazorla, quedándole a la mitra Toledana la jurisdicción espiritual sobre estas tierras hasta 1958, año en el que pasó a
Jaén.
Su nombre, según el profesor Guillermo Tejada, sería un hidrónimo prelatino de origen indoeuropeo, traído aquí seguramente (?) desde el Norte de la Península con la reconquista y la repoblación medieval. Desde "Iruela", diminutivo de "iru" -del grupo hidronímico "ara/era/ira/ora/ura"-, "pequeña corriente de
agua o río" > "ríachuelo o arroyo" (junto al-). (El "La" inicial es un añadido romance o castellano).