La ocupación más antigua documentada en su término municipal se remonta, entre el 2000 y 2500 a
Cristo, en la
Cueva de los Majuelos. Otra de las referencias prehistóricas es el cerro de la
Torre de la Cabeza, en el que se mezclan restos de época del Cobre, Bronce, Ibérica,
romana y
medieval.
Las primeras referencias escritas de esta población se remontan al siglo X, en la obra del geógrafo oriental Al Muqadasi, identificándose con la nombrada como Al-Jafr "con gran número de cursos de
agua y
molinos". El mismo nombre de
Pegalajar puede traducirse como "Peña de la Vega", en referencia a las
huertas que se extendían a sus pies. En tiempos de Al-Andalus sería uno de los "hins" que protegía una amplia zona de cultivos de regadío que, desde las
murallas, descendía hasta el Guadalbullón, con el tradicional sistema de puesta en cultivo musulmán en bancales, regadas con las
aguas de la
Fuente Vieja o de la
Reja, con un
embalse y una red de acequias e hijuelas, que aún hoy domina su
paisaje.
Esta fortaleza (hins) era uno de los eslabones que, junto con la capital del Cora, La Guardia (Wâdi 'Abd Allâh) Jiménez Cobo (2004), y las alcazabas de
Cambil, Huelma y otras, formaban la línea defensiva de la Cora de Yayyan (
Jaén). Los restos de murallas que aún perduran, bien enmascarados entre las
casas o mediante lienzos y
torreones, bien visibles en algunas
calles, permiten establecer dos secuencias arquitectónicas. Por un lado el primitivo recinto musulmán situado en la cima de la peña y por otro, la ampliación realizada tras la conquista de esta
plaza por las huestes de Fernando III, con la construcción de un segundo recinto y el reforzamiento del primitivo con
torres circulares más resistentes al ataque de la pólvora.
La Crónica del Condestable Miguel Lucas de Iranzo hace varias referencias a Pegalajar: una con ocasión de una incursión de moros que lo asaltan y queman; otra con motivo del cerco al que el Condestable somete Pegalajar, donde se encontraba el comendador rebelde Juan de Pareja y su importancia fronteriza así como a un lugar protagonista de las luchas de la nobleza levantisca contra el Condestable. Por un documento de 1469, en el que se hace referencia a la Fuente Vieja y al riego de las huertas, sabemos que la población mantuvo su tradicional sistema de cultivo.
En 1559 Pegalajar se exime de la jurisdicción de Jaén y es declarada Villa mediante Carta de Privilegio Real. El municipio inicia un período de florecimiento económico y demográfico, desbordó el primitivo arrabal del
castillo e inició la construcción de una nueva
iglesia parroquial de mayores dimensiones. En el XVII la población sigue la tónica de la provincia con crisis de subsistencias y carestías. Los nuevos aires reformistas del XVIII propiciaron un nuevo crecimiento de la población, crecimiento que se mantuvo hasta mediados de este siglo en el que, como en el resto de la provincia, la población tuvo que emigrar a otros puntos de
España.
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La ocupación más antigua documentada en su término municipal se remonta al. 2000 y 2.500 a C, en la Cueva de los Majuelos. Otra de las referencias prehistóricas es el cerro de la Torre de la Cabeza, en el que se mezclan restos de época del Cobre, Bronce, Ibérica, romana y medieval. Las primeras referencias escritas de esta población se remontan al siglo X, en la obra del geógrafo oriental Al Muqadasi, identificándose con la nombrada como Al-Jafr con gran número de cursos de agua y molinos. El mismo nombre de Pegalajar puede traducirse como Peña de la Vega, en referencia a las huertas que se extendían a sus pies. En tiempos de Al-Andalus sería uno de los hins que protegía una amplia zona de cultivos de regadío que, desde las murallas, descendía hasta el Guadalbullón, con el tradicional sistema de puesta en cultivo musulmán en bancales, regadas con las aguas de la Fuente Vieja o de la Reja, con un embalse y una red de acequias e hijuelas, que aún hoy domina su paisaje. Esta fortaleza (hins) era uno de los eslabones, que con las alcazabas de La Guardia, Cambil, Huelma y otras, formaban la línea defensiva de la Cora de Yayyan (Jaén). Los restos de murallas que aún perduran, bien enmascarados entre las casas o mediante lienzos y torreones, bien visibles en algunas calles, permiten establecer dos secuencias arquitectónicas. Por un lado el primitivo recinto musulmán situado en la cima de la peña y por otro, la ampliación realizada tras la conquista de esta plaza por las huestes de Fernando III, con la construcción de un segundo recinto y el reforzamiento del primitivo con torres circulares más resistentes al ataque de la pólvora. La Crónica del Condestable Miguel Lucas de Iranzo hace varias referencias a Pegalajar: una con ocasión de una incursión de moros que lo asaltan y queman; otra con motivo del cerco al que el Condestable somete Pegalajar, donde se encontraba el comendador rebelde Juan de Pareja y su importancia fronteriza así como a un lugar protagonista de las luchas de la nobleza levantisca contra el Condestable. Por un documento de 1469, en el que se hace referencia a la Fuente Vieja y al riego de las huertas, sabemos que la población mantuvo su tradicional sistema de cultivo. En 1559 Pegalajar se exime de la jurisdicción de Jaén y es declarada Villa mediante Carta de Privilegio Real. El municipio inicia un período de florecimiento económico y demográfico, desbordó el primitivo arrabal del castillo e inició la construcción de una nueva iglesia parroquial de mayores dimensiones. En el XVII la población sigue la tónica de la provincia con crisis de subsistencias y carestías. Los nuevos aires reformistas del XVIII propiciaron un nuevo crecimiento de la población, crecimiento que se mantuvo hasta mediados de este siglo en el que, como en el resto de la provincia, la población tuvo que emigrar a otros puntos de España.
Municipio del oeste de la comarca de Sierra Mágina y cuyo extremo noreste se incluye dentro del parque natural de Sierra Mágina. El término municipal desciende desde los 2100 m del noreste hasta los 500 m en el río Guadalbullón, para elevarse posteriormente hacia el suroeste hasta los 1000 m de la Sierra de Grajales.