En los parajes del arroyo del Abandonado y El Barranquillo se han encontrado los primeros materiales líticos indicadores de ocupación humana que corresponden al Paleolítico. Durante la Edad del Cobre (III milenio a C) se produce un proceso de colonización de las tierras que hoy comprende el término municipal. Fue un poblamiento basado en pequeños núcleos establecidos en lugares de fácil defensa como los asentamientos de
Piedras de Cuca, Cerro Buitreras o Cerro Portichuelos. También corresponde a esta etapa la primera ocupación de su actual emplazamiento urbano. Hacia finales del II milenio a C (Edad del Bronce) una época de crisis significó el abandono de estos asentamientos. Superada esta situación (siglo IX a C) la población vuelve a concentrarse en torno a las Atalayuelas en donde habitan en cabañas circulares. Ya en época ibérica (siglo VII a C) se hacen más numerosos los asentamientos fortificados como los de Fuencubierta, Cerro de la Covatilla, Cerro Carnicero o la Cortijada de
Arcos. Dependían de la gran ciudad ibérica de Tucci (
Martos) que en época
romana fue la Colonia Augusta Gemella.
Desde los comienzos, en la época romana ya era conocida con el nombre de Tosiria (denominada así por los íberos) que parece ser un derivado de Tucci y Ossaria (como era conocida en tiempo de los godos). Hoy en día aún se emplea este segundo nombre familiar, Tosiria, para referirse a la localidad jiennense, siendo su respectivo gentilicio, el de tosiriano.
Durante la ocupación romana se detecta una proliferación en su territorio de
casas pertenecientes al campesinado, algunas de ellas villas, como la del
Molino del Cubo, Casería de don Juan Vicente o el Cortijo de los Heredados.
A su pasado visigodo corresponden las piezas arqueológicas más importantes aparecidas en la localidad, el famoso tesoro aparecido en los "majanos de Garañón", que constituye uno de los mayores conjuntos de orfebrería de este periodo en
España. Entre las piezas de este conjunto hay
cruces de oro con inscripciones de los oferentes y de diversos
santos o una gran corona de oro dedicada a las
santas Justa y Rufina.
Durante la dominación islámica debió ser una pequeña población, pues no se la menciona en las crónicas. En torno a los siglos XII y XIII levantaron una fortificación, de medianas dimensiones, que contaba con tres
torreones de planta circular situados en los ángulos.
Fernando III conquista el Reino de
Jaén y es en aquel tiempo cuando
Torredonjimeno, que en ese momento era una sólida fortaleza islámica es conquistada, el 29 de septiembre de 1229 por un caballero infanzón aragonés llamado Don Ximeno de Raya, que daría nombre a la localidad. A partir de esta época nace su actual denominación que hace mención a la existencia de un enclave
militar Torre y al nombre de uno de sus primeros alcaides Don Ximeno de Raya. En torno a este núcleo original progresó la población hasta alcanzar una entidad media hacia el siglo XIV.
En el siglo XIII, en 1224 la ciudad pasó a formar parte de la corona castellana y unos años después, en 1228 Fernando III otorgaría todo este territorio de la campiña a la Orden Militar de Calatrava, pasando a formar parte de la Encomienda de la Peña de Martos y de Víboras, para que la defendiese y repoblase, como frontera que fue hasta bien avanzado el siglo XV.
La Orden de Calatrava reestructuró el
castillo y a su alrededor inició un proceso de repoblamiento. A partir de este momento se configuró un pequeño núcleo urbano, que sobre el siglo XIV aún era calificado de "logar". Durante este siglo y el siguiente el crecimiento de este incipiente núcleo se vio dificultado por su situación fronteriza con el reino de
Granada, que animó a la construcción de atalayas para un control efectivo del territorio, se trata de la Torre de Fuencubierta, la Torre de Benzalá o la Torre Alcázar.
En el año 1275 tuvo lugar en la población uno de los hechos más destacables de su
historia. Con motivo de la contienda contra la frontera jiennense, desarrollada por el rey granadino Muhammad II, con la ayuda de los musulmanes marroquíes, el arzobispo de
Toledo e Infante de
Aragón, Sancho de Aragón hijo del rey Jaime el Conquistador, avanzó en una batalla previa a la llegada del grueso de las tropas castellanas; como consecuencia de dicha precipitación fue hecho cautivo en un lugar muy cercano a la actual ciudad de Torredonjimeno. Posteriormente se entabló una discusión entre los musulmanes sobre a qué rey debía entregarse un cautivo de tanta importancia (si al granadino o al marroquí), uno de los caballeros para evitar el enfrentamiento lo asesinó, cortando y entregando, por un lado, la cabeza a los norteafricanos y por otro, la mano derecha con el anillo episcopal, a los nazaritas. Hoy en día se conserva el nombre de aquellos parajes como la Celada, y en una
fuente próxima, denominada la Fuente de Don Sancho, se ubica el asesinato del Arzobispo de Toledo ya que por ese lugar por discurría un manantial.
A poco más de 1 km de núcleo urbano todavía se conserva el Molino del Cubo, construido por la Orden de Calatrava en el siglo XV.
En 1558 la reina Doña Juana eximió a la localidad de la jurisdicción civil y criminal de Martos, comenzaba así su andadura como villa. Este fue un siglo de prosperidad que se vio truncada por la crisis que afectó al país en el siglo XVII. En el siglo XVIII Torredonjimeno inició una etapa de recuperación.
Por Madoz conocemos que a mediados del siglo XIX tenía una población de 5,787 almas. Los principales cultivos eran los de cereal y el
olivar y contaba hasta con siete
molinos harineros y veinte de aceite. Había también una
fábrica de sal y quinientos telares de lienzo de lino.
Alfonso XIII le concedió el título de ciudad en 1911.
Hacia 1.369, en pleno etapa fronteriza de esta zona, Torredonjimeno disponía ya de un recinto
amurallado que defendía el conjunto de la ciudad y que hoy se puede reconstruir gracias a la pervivencia o recuperación de los nombres históricos de sus
calles y
plazas:
Puerta de
Córdoba, Postiguillo, Adarvejos, la
Muralla, Puerta de Martos, la Cerca, Puerta de Jaén, etc. Con estas defensas, pudo Torredonjimeno resistir otra nueva incursión de los ejércitos musulmanes llevada a cabo en el año 1.471. Estos consiguieron en un principio una buena cantidad de bienes y cautivos, entre estos dos hijas del mismo alcaide del Castillo, Diego Fernández de Martos, que fueron llevadas a Granada y que tiempo después serían elevadas a los
altares con el nombre de Santas Juana y María. En la batalla posterior, las tropas castellanas comandadas por Diego López Pacheco, Marqués de Villena y Mayordomo mayor de Isabel I, vencieron a los musulmanes. En acción de gracias por dicha victoria, el Marqués de Villena mandó edificar la
ermita de la
Virgen de Consolación.
El nombre actual de Torredonjimeno procede de la época de la reconquista de Fernando III. Sin embargo, hay indicios de población anterior a las fechas del acometido reconquistador de Castilla. Muchos investigadores (como es el caso del Padre Fray Alejandro del
Barco, S. XVIII) creyeron encontrar en la actual Torredonjimeno la ubicación de una ciudad romana, que junto a Martos formaría la Colonia Gemella Augusta Gémina o Tuccitana. Sin embargo, hay otras teorías que dicen que el asentamiento que formaba parte de la colonia era
Jamilena y no Torredonjimeno.
El año 1558 es decisivo para la historia de Torredonjimeno. Dicho año la princesa Juana de
Austria, gobernadora de los dominios de la Monarquía en ausencia de Felipe II, otorga la independencia de la Villa, retirándola de su dependencia histórica de Martos de forma definitiva. A través de un privilegio, conservado hoy en día el Archivo Municipal, se concede la total jurisdicción civil y criminal, su término, cotos, etc., a cambio del pago de 9.000 ducados a la Hacienda Real.
El siglo XVI fue un período de expansión y prosperidad que se romperá dramáticamente a lo largo de la centuria siguiente. En 1580, los Santos médicos Cosme y Damián, a quienes la localidad se había encomendado, se convierten en Patronos de la ciudad por haberlos librado de una epidemia de peste, erigiéndoles una Ermita.
Otro personaje destacable en la historia de la localidad fue Diego López de Pacheco, Marqués de Villena, uno de los nobles de los Reyes Católicos que también luchó en batalla en las cercanías de la fortaleza tosiriana, y en gesto de gratitud se convirtió en uno de los benefactores más importantes del
santuario de la Patrona de la ciudad, Nuestra Señora de Consolación. En la batalla posterior, las tropas castellanas encabezadas por éste, vencieron a los musulmanes y como reconocimiento por dicha victoria, el Marqués de Villena mandó edificar la Ermita de la Virgen de Consolación.
Hacia el año 1526, el rey Carlos I hizo estancia en Torredonjimeno cuando se dirigía hacia
Sevilla para contraer matrimonio con Isabel de
Portugal, alojándose en el
Palacio de Gonzalo de Villalta, Comendador de la Peña de Martos y hombre muy cercano al emperador Carlos I.