Su origen e
historia están ligados a las distintas culturas que ocuparon
Málaga y los
pueblos de la costa. Prueba de ello, podría ser la importante calzada que pasaba por su término enlazando a Málaga con el centro de la península y que serviría como infraestructura para el intercambio comercial. Además, su ubicación nos define a
Almogía como un lugar fuerte para la defensa de pasos estratégicos.
Durante la dominación musulmana tuvo gran importancia, sobre todo en tiempo de Omar Ben Hafsun, cuando su
castillo, con los de Hins Alhmara e Hins Xan Biter (Sancti Petri), formaban el segundo cinturón defensivo de la ciudad y fortaleza de Bobastro. Cuando los Reyes Católicos cercaban Málaga, solicitó las condiciones de rendición, firmando el rey Fernando las Capitulaciones el día l0 de de Mayo de 1487, por las que quedaban como vasallos de Castilla, aunque rigiéndose por su Aljama o Consejo de la villa.
La villa fue entregada a la Reina Isabel de Castilla (Isabel la Católica) en mayo de 1487, la cual nombró alcaide cristiano al capitan Mosén Pedro de Santisteban.
Los moriscos de Almogia participaron en la rebelión de 1570. Al ser derrotados, fueron expulsados, quedándose despobladas las tierras que fueron repobladas con cristianos viejos procedentes de las poblaciones de Teba y Antequera, en aquel entonces pertenecientes al reino de
Sevilla.
El 2 de Mayo de 1564, el Consejo de Almogía concedió en calidad de préstamo, la
campana de la Vela de su castillo al canónigo de la
Catedral de Málaga, para esquilón de la
Iglesia Mayor. La Inquisición estuvo muy afianzada por esta zona, por el gran número de moriscos que habitaban en el arrabal, sobre todo teniendo en cuenta su proximidad a la capital. El elemento morisco se sumó a la rebelión comenzada en las zonas serranas en 1570, viniendo a sofocarlos el capitán don Francisco Sánchez de
Córdoba al frente de 500 hombres. Desalojados los rebeldes del castillo, fueron trasladados al interior del país. La localidad fue repoblada por cristianos viejos que habitaban fuera del reino de
Granada. La existencia de repobladores procedentes de Teba y Antequera se debe a que estas poblaciones pertenecían en aquel momento al reino de Sevilla.
La palabra Almogía, parece ser que deriva de Al-mexía, la del linaje de los mexíes y según otros eruditos, el vocablo equivale a la bonita.
Durante la guerra de la Independencia contra la
Francia napoleónica, Almogía y su castillo fueron invadidos por las tropas napoleónicas que lo destruyeron en su huída.