Los documentos más antiguos hablan de Pandeire en los tiempos de los árabes, uno de los primeros puestos que fundaron los musulmanes después de la batalla de Guadalete.
La construcción del actual
pueblo,
Alpandeire o Pandeire, como figura en otros textos, tiene lugar sobre el año 711, siendo una de las primeras ciudades edificadas por los musulmanes en la serranía rondeña. Posteriormente, Hamet el Zegri se
refugió en su fortaleza desde donde vigilaba los ataques de la capital de la Serranía,
Ronda. Alpandeire fue conquistada cuando cayó la
plaza de Ronda, en 1485. Desde entonces, Alpandeire quedó como lugar de Realengo y perteneciente a Ronda y los moriscos fueron expulsados un siglo después el 6 de febrero de 1572, una pragmática de Felipe II mando poblar los lugares de Alpandeire y pospitar con 22 nuevos vecinos a los que se les repartieron
casa y tierra, venidos de castilla y
galicia.
Después de la conquista de Alpandeire, es importante mencionar la pragmática de Felipe III ordenando poblar Pandeire y sus anejos de Pospitar y Audalazar, despoblados tras la expulsión de los moriscos. El personaje más relevante de la villa fue Fray Leopoldo de Alpandeire, Francisco Tomás Márquez Sánchez y nacido el 24 de junio de 1864, que se hizo famoso como limosnero capuchino por tierras andaluzas, sobre todo en
Granada. Murió el 9 de febrero de 1956.
En 1815 obtiene Alpandeire la posesión del Real Privilegio de Villazgo otorgado por Fernando VII como
premio al comportamiento del pueblo durante la dominación francesa.