El municipio es de origen árabe, como su nombre, hijos de Mukarran, según legajos que obraban en el archivo del
Ayuntamiento, hoy desaparecidos. Conquistada la ciudad de Vélez por Fernando el Católico,
Benamocarra se rindió al mismo tiempo que los demás
pueblos del contorno. Cuando la rebelión de los moriscos en 1568, contaba el municipio con 115 vecinos, siendo 87 de ellos de origen musulmán y los demás cristianos viejos. Esta política de coexistencia se practicó mucho sobre todo en zonas hortícolas, dado el gran conocimiento que de estos cultivos tenían los árabes. Después de la expulsión de los moriscos en 1572, vinieron a esta villa pobladores nuevos procedentes de
Puente Don Gonzalo, hoy Puente Genil, Estepa, Antequera y otros puntos, cuyos nombres y otros datos se encuentran en el libro de apeo del archivo municipal. Su
iglesia data del año 1505, mandada construir por el arzobispo de
Sevilla don Diego de Deza, y confirmada el 5 de enero de 1510 por el rey Fernando. Es de orden
gótico y consta de tres naves. Según Vázquez Otero poseyó una verdadera riqueza en
esculturas, joyas y objetos de culto, con un magnífico
órgano que, al igual que el
coro, fueron adquiridos con los productos de las representaciones escénicas, a las que siempre eran aficionadas las gentes jóvenes del
pueblo Como dato destacable señalar que en ella nació el músico malagueño D. Eduardo Ocón Rivas, cuya
casa natal aún se conserva.