La fundación de Fuente Piedra es relativamente tardía, sobre el siglo XVI. Sin embargo debió existir un asentamiento en época romana, ya que se conserva en Antequera un ara o altar en el que se lee una inscripción latina que hace referencia a las curaciones de un personaje gracias a las aguas de la fuente y por la que erige el altar. Otros historiadores hablan de las propiedades curativas de la fuente sobre todo, la capacidad de sus aguas de disolver cálculos renales y de la vejiga. Probablemente sea de esta acción sobre el mal de piedra de donde le venga el nombre al pueblo. Antiguamente, cuando se transportaban las aguas a otros lugares, había que dar fe de su procedencia por medio de un escribano y el cura de la iglesia sellaba las vasijas, que se llegaron a exportar al Nuevo Mundo y a Nápoles. En 1547, Antequera decide crear un arrabal para alojar a los enfermos renales, que en gran número, se trasladaban a tomar las aguas de la fuente, y de él deriva el núcleo actual.