En el término de
Genalguacil existieron
minas de oro y plata, y se han encontrado molinillos de mano, pertenecientes a las culturas fenicia y helénica, lo que demuestra el paso de estos
pueblos por la zona. En estos molinillos se trituraban los metales preciosos para luego purificarlos en lugares más apropiados. Don Pascual Madoz en su Diccionario dice, “y por último existen asimismo en dicho término los despoblados de Benastepar y Benameji que fueron pueblos de moros, de los que el primero, que se halla a medio cuarto de legua al Surde la población, fue abandonado por sus moradores a causa de la falta de
agua, estableciéndose en su virtud en la villa que se describe (Genalguacil), y el segundo, a igual distancia al Este, ha desaparecido desde la expulsión de los moros, estando en el día los vestigios de ambos confundidos entre las viñas de que se encuentran poblados. El nombre actual deriva del árabe Genna-Alwacir que quiere decir
jardines del visir o ministro; que nos recuerda la dominación musulmana en él y lo ameno y delicioso del lugar en donde debió residir algún segundón de la administración de Justicia muslámica.
Después de la conquista por los Reyes Católicos, la población musulmana siguió viviendo en la villa, hasta su participación en la rebelión de mediados del siglo XVI. Después de la expulsión fué repoblado con cristianos venidos de otras zonas. Fue dado en señorío al duque de
Arcos de la
familia Ponce de
León, en 1586, hasta que la ley suprimió estos privilegios.