La segunda parte o parte moderna corresponde a la cabecera de la
iglesia y sustituye a la anteriormente existente destruida por un terremoto en el año 1580. Esta circunstancia posibilitó que su reconstrucción se realizara con una nueva configuración más
monumental, ahora en estilo manierista; e incluso ganara altura con respecto a la parte
gótica, en una serie de obras que no acabaron hasta aproximadamente el año 1720.