En 1542 fue maestro de obras Juan de Escalona, que diseñó la capilla de la Virgen de Gracia. En 1566 intervino en la obra Hernán Ruiz. Esta etapa la finalizó en 1578 Pedro Díaz de Palacios. En aquella etapa se elaboró el coro manierista. ​ En los siglos xvi, xvii y xix se realizaron el resto de reformas.

(21 de Abril de 2022)