A partir de 1515 comienza una segunda etapa donde ocupa un papel importante el arquitecto Diego de Riaño, a quien se le supone el abovedamiento del cimborrio. En 1542 aparece al frente de las obras Juan de Escalona, quien diseña la
capilla de la
Virgen de Gracia, una obra de notable belleza levantada ya bajo la estética del renacimiento y que, separada por una alta
reja, se ubica en la cabecera de la nave del Evangelio.