En el 1091 se produce la irrupción de los almorávides, grupos tribales procedentes del norte de África que acaban con los reinos de taifas, imponiendo la unificación de todo el territorio de Al-Andalus bajo su dominio. Al mismo tiempo, el avance cristiano desde el norte se traduce en frecuentes incursiones
militares que dejan tras sí una estela de destrucción y
campos devastados. El poder almohade procuró a la ciudad un corto periodo de estabilidad (1148-1224), al que sucedió una nueva etapa de conflictividad que se prolongaría hasta la conquista cristiana en 1247.