La Mezquita Mayor ocuparía el solar donde ahora se levanta la iglesia de Santa María, donde se perpetúa, por tanto, el carácter de templo principal. Aún se conserva parte de la estructura islámica original en el Patio de los Naranjos, cuyos elementos tipológicos permiten fecharla hacia el siglo XI. Es posible la existencia de mezquitas menores, dada la importancia de la ciudad; pero ninguna prueba permite afirmarlo de forma fehaciente.