Mandó también construir otra fortificación al otro lado de la
Puerta de
Córdoba, el Alcázar de la Reina, derribado parcialmente en 1501 con la autorización de Isabel la Católica. El Alcázar de Abajo o de la Puerta de
Sevilla se vio acrecentado con la incorporación de los
Salones de Presos y de otras estancias; en 1992 se efectuaron excavaciones arqueológicas en la zona suroeste de la fortaleza, dando como resultado el hallazgo y documentación de una nueva sala de época de Pedro I.