La procedencia del nombre es causa de controversia al no haber una interpretación concreta. Por un lado, son muchos los que confunden la pronunciación de Lantejuela por Lentejuela y, sin embargo, atendiendo al porqué histórico de este nombre la confusión se reduce sólo a la forma, ya que significan, lo mismo. Otras versiones dicen que el nombre deriva de “Tío Lentejas”, apodo de un rico hacendado propietario de grandes extensiones. Sin embargo, estas versiones no son más que leyendas. Existen documentos que prueban que en las inmediaciones de la actual Lantejuela sin fecha precisa, se encontraron varias lentejuelas de oro, enterradas bajo el suelo, y sacadas con la punta de un arado, y de aquí tomó título aquella dehesa o donadío”.
Algunos estudiosos localizan el primer foco poblacional en los tiempos previos a la conquista
romana, cuando los hombres de Numidia, la actual Mauritania africana, se asentaron en tan privilegiado enclave. Su ciudad, Línula, fue aprovechada por los
romanos desde el siglo I a. c. Otros investigadores locales sitúan en las tierras de Lantejuela la célebre ciudad de Munda, y los sucesos que en ella se protagonizaron: la victoria definitiva de las Legiones de Julio César sobre los partidarios de Pompeyo, encabezado por los hijos de éste. Munda, definida pompeyana, fue arrasada por los ejércitos del vencedor.
En su término municipal y muy cerca a su actual población, se han encontrado vestigios de una antigua ciudad romana, sin que hasta el momento, se haya podido identificar su nombre. En cualquier caso se certifica la presencia de Roma en la actual Lantejuela. También acudieron al lugar los árabes. Si buen se ignora qué tipo de población constituyeron, sí es cierto que explotaron los baños de
agua sulfurosas, de
naturaleza medicinal contra las infecciones de la piel.
Fernando III el
santo arrebató a los moros el dominio territorial, que concedió a los caballeros que habían participado con él en el triunfo de la
Cruz sobre la media Luna. Parece probable que a partir de esas fechas, a mediados del siglo XIII, el terreno del actual municipio sirviera para los primeros asentamientos coloniales. El solar de la villa fue cedido por la corona castellana a la orden de Calatrava. El ducado de
Osuna creado por Carlos I, se hizo cargo de todos las posesiones circundantes.
La Lantejuela quedó bajo el señorío de los condes de Ureña, en tiempos del rey Felipe II. Dependió de la '
Casa Ducal de Osuna' aunque durante el reinado de Fernando VII, en el siglo XIX, se le concedió el titulo de villa y se emancipo definitivamente de Osuna. fecha en la que se suprimen los señoríos jurisdiccionales. El
pueblo de Lantejuela, actualmente como villa, a juzgar por la documentación existente en el archivo municipal, se constituyó en
Ayuntamiento independiente hacia los años 1830 a 1841. La primera sesión del ayuntamiento tendría lugar en el pueblo el 14 de febrero de 1842.
El tesoro más preciado de este pueblo reside en el complejo Endorreico de Lantejuela, en la que destacan las lagunas de la Ballestera, Calderón Chica y del Gobierno, … y concretamente esta última se sitúa a escasos 800 metros del casco urbano y a la que se accede por un camino. La Laguna del Gobierno está declarada como reserva natural, con una superficie de 20 hectáreas y se encuentra totalmente recuperada y adecuada gracias al trabajo realizado por la Asociación Naturalista Otis Tarda y la Casa de Oficios “Laguna del Gobierno” I y II. Este lugar ha sido acondicionado y recuperado con el fin de reforzar el turismo rural en el municipio. 
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