Su pasado histórico se remonta a épocas muy antiguas. En su término se han encontrado restos arqueológicos pertenecientes a la Edad del Bronce y otros de época
romana. Durante la dominación árabe destaca su importancia dentro de la llamada
Banda Morisca.
La villa de Cotte fue conseguida por Fernando III en el año 1240 mediante un pacto con sus habitantes. El sobrecogedor
castillo gótico de Cote fue construido a finales del siglo XIII por orden de Alfonso X, y entregado en 1297 a la orden
militar de Alcántara jnto con Morón, lo que supuso la creación de una encomienda en la zona. Probablemente la cerca superior o castillo ya existía antes, aunque debió ser reforzada y recrecida después de la revuelta mudéjar de los años 1264-1266.
Será tras la conquista de estos territorios por los cristianos cuando comiencen a levantarse chozas de pastores de la
sierra, que dan lugar al origen de la población actual.
En 1461 la localidad quedó integrada en el señorio de los condes de Ureña, señores de Osuna, perteneciendo a esta
familia hasta el final de los señoríos a inicios del siglo XIX. Se convirtió en Villa por Real Privilegio de Carlos III en 1788.
Durante la Guerra de la Independencia, esta villa fue ocupada e incendiada dos veces por las tropas francesas en represalia por la no colaboración y hostilidad de los vecinos hacia el invasor. De hecho, en parte de su heráldica, posterior a 1812, aparece aparece una villa con sus
casas y
torre ardiendo y la parte central inferior una "cartela" tipo pergamino con un rótulo que dice: "POR LOS FRANCESES- 14 y 22 de abril 1810".
Perteneció al ducado de Osuna hasta 1788, en que consigue la categoría de Villa del Rey Carlos III.