En aquella época llegaron a Morón los ecos de la rebelión de los moriscos en las Alpujarras. Los musulmanes convertidos a la fuerza al cristianismo y sometidos a crecientes presiones, estallaron en una revuelta que pronto se propagó por
Andalucía. Estas revueltas acabaron con la expulsión de los moriscos de
España en 1609. En el siglo xvii, la peste bubónica afectó con virulencia a la población de la ciudad. Esta epidemia y los problemas generalizados derivados de la política de los austrias menores marcaron el fin del auge económico vivido por la localidad durante el siglo anterior.