Sus orígenes se remontan a los celtas, que hicieron aquí un asentamiento denominado Iporci. Estos genuinos habitantes del sur cedieron ante la llegada de posteriores civilizaciones, y sobre todo con la colonización emprendida por Roma a ambas orillas del Mediterráneo. Los
romanos dejaron en este sitio su peculiar impronta, que hoy día se testimonia gracias a los importantes vestigios que se conservan de su presencia; los más importantes son los del
puente de
piedra sobre el
río Galindón (aunque su apariencia actual se debe a modificaciones
medievales). Los nuevos inquilinos del Lacio fundaron sobre la anterior Iporcila Villa de Fortuumade o Fortunales muy útil al enclavarse en terrenos elevados de alto valor estratégico en unos tiempos en que el control de las
plazas cobradas se debía al predominio
militar. Algunos autores, por su parte, defienden la hipótesis que afirma la existencia en este lugar de la ciudad de Hiporcia, atravesada por la calzada
romana que enlazaba
Sevilla y Mérida. Tras el tibio paréntesis visigodo, la actual
San Nicolás del Puerto pasó a manos de los moros conquistadores en el siglo VIII. Los árabes fueron artífices del progreso local gracias a la explotación de sus
minas de plata, tan espléndidas que convirtieron la zona en un lugar de fama. En tiempos del rey musulmán Aznnar Benajaque se procedió a la construcción de la gran fortaleza cuyos restos, concretamente una de sus
torres, permanecen como aval de esa época. Una nota más sobre la
historia de este
pueblo recoge el nacimiento en él del célebre religioso San Diego de Alcalá, así llamado por pasar parte de su vida y morir en Alcalá de Henares. Por lo que respecta a la crónica local, tras la llegada de los castellanos se incorporó a las propiedades cristianas y con ellas vivió las mismas vicisitudes y situaciones que afectaron a la provincia y al país hasta nuestros días, pasando por la posesión que tuvo de la zona el Conde -Duque de Olivares hasta el primer tercio del siglo XIX. Otros vestigios importantes son un cáliz visigodo, monedas
romanas y un crucero de piedra situado a la entrada de la población correspondiente al tercer cuarto de siglo XVI, montado sobre una
columna corintia.