Fue el primer monumento en conseguir el título de Conjunto Histórico-Artístico de interés nacional de la provincia de Sevilla, el día 10 de abril de 1872.
Fue construido en el 1301 por Alonso Pérez de Guzmán, conocido como Guzmán el Bueno. Fue fruto de una concesión de Fernando IV de Castilla en 1298 y el propósito era que reposaran en él los restos de Alonso.
La advocación se decidió por una leyenda que vincula al santo con el lugar. San Isidoro vino a estudiar a Sevilla a mediados del siglo VI y, abrumado por sus malos resultados académicos, decidió regresar a León. En su regreso, por la Ruta de la Plata, se detuvo a rezar en una ermita. En ella observó un pozo que tenía su brocal horadado por el continuo roce de la cuerda. Eso le hizo reflexionar sobre la virtud de la constancia y decidió regresar a Sevilla, donde se convirtió en uno de los grandes escritores medievales.
El monasterio estuvo ocupado por monjes cistercienses hasta 1431 y por jerónimos hasta 1978.
Tiene varias obras de arte de cierta importancia de Juan Martínez Montañés: una Virgen con el Niño, una santa Ana, un san Joaquín, un san Jerónimo y un san Isidoro. Con la ayuda de sus discípulos Juan de Mesa y Andrés de Ocampo, Montañés realizó un fastuoso retablo. Además, en el Claustro de los Evangelistas existen cuatro pinturas murales interesantes del siglo XV.
Hay también otras piezas reseñables, como un Cristo de Pedro Roldán, vidrieras del siglo XVII, reliquias y restos de san Eutiquio, brocal donde, según la tradición, oró san Isidoro, y las cenizas de Urraca de Ossorio y Leonor Dávalos. Destacar, así mismo, que el monasterio albergó una de las mejores bibliotecas de España.
Este monasterio albergó temporalmente los restos de Hernán Cortés, que actualmente reposa en la Catedral de México.

(Octubre de 2017)