En este lugar existió un poblado que data en el III milenio a. C. De ello da fe una punta de flecha de
piedra del neolítico, encontrada en su término, y que se sitúa en el año 3500 a. C.
Villamanrique, ribereña del Lacus Ligustinus, fue considerada siempre frontera natural de las marismas del Guadalquivir,
puerta principal de los cotos de Lomo de Grullo y Doñana y antesala del Rocío. Primitivamente se llamó Mures y con esa terminología perduró durante las diversas épocas históricas: tartésica, fenicia, ibero-turdetana,
romana y árabe. De todas estas culturas quedan importantes vestigios arquitectónicos en las tierras manriqueñas. Mures se encuentra hoy más próxima a la cultura tartésica y parece estar relacionada con la palabra “murena”.
Del s. VI a. C., se descubrió en 1.978 en esta villa la única inscripción en piedra hasta ahora conservada: la Estela tartésica de Villamanrique. El hallazgo de la Estela Tartésica de Villamanrique, ocurrió el 22 de marzo de 1.978 y se conserva en el
Museo Arqueológico de
Sevilla, en la sala XI (RDO-8894). Sus descubridores son los vecinos manriqueños Manuel Zurita Chacón y Manuel Carrasco Díaz, que la encontraron en el sitio denominado Chillas, término municipal de
Villamanrique de la Condesa. Según sus características morfológicas estamos ante fragmento de piedra arenisca bermeja y compacta de 0,69 x 0,60 x 0,28 m.; en uno de sus ángulos posee una inscripción tartésica que discurre entre dos líneas paralelas, que forman un semicírculo imperfecto, cuya lectura es de forma sinextrosa, es decir de derecha a izquierda.
Se llamaba antes Mures
En 1539, con Carlos I la villa pasa de las manos de la Orden de Santiago a las del duque de Béjar, don Francisco de Zúñiga y Guzmán. Bajo los Zúñiga la villa creció en importancia y Felipe II creó el marquesado de Villamanrique para Alvaro Manrique de Zúñiga, pasando la villa a llamarse en su honor, a partir del 24 de marzo de 1577, Villamanrique de Zúñiga. Se construyó entonces el
palacio y un
convento de franciscanos hoy desaparecido. Con el paso del tiempo, el señorío de Villamanrique pasó a los marqueses de Astorga, que por matrimonio refundieron más tarde esta
casa con el condado de Altamira. Bajo jurisprudencia de los condes de Altamira permaneció la población hasta la abolición de los señoríos en el año 1837 y la consecuente creación del
Ayuntamiento constitucional de jurisdicción ordinaria.
En el año 1859, el Duque de Montpensier (hijo de Luis Felipe Alberto de Orleans) compró la gran extensión de terrenos desde Gatos hasta la Aldea del Rocío y la Casa-Palacio de los Altamira. Así pues, por Real Decreto de 27 de junio de 1916, se cambió el nombre del municipio a Villamanrique de la Condesa, en honor de la hija de los Duques de Montpensier, doña María Isabel de Orleans, condesa de París.