De 1056 es la primera mención de Vinaqua, en la que sus vecinos actúan como testigos de una donación. Hasta el siglo XIX fue señorio de abadengo, dependiente del
monasterio de
San Juan de la Peña, desde el siglo XVI de las benedictinas de Jaca. Está vinculación, aunque antigua, es posterior al 992, fecha de una falsa carta de donación de la villa por Sancho Garcés II. También es espuria la hecha por Pedro I en 1100, que tres años antes si habia entregado al cenobio las
casas de Binaqua propiedad de la difunta abadesa doña Sancha. En el siglo XII esta constatada la existencia de viñedos (venta de las viñas Ariola y Assa).
Binacua formó parte del municipio de
Santa Cilia/Santa Zilia, junto con la Venta de Esculabolsas, y desde la segunda mitad del siglo XIX lo hace del de Santa
Cruz (llamado en 1916
Santa Cruz de la Serós). El fogaje que Fernando el Católico ordenó en 1945 daba a Vinacua 3 fuegos. En 1857 el
pueblo tenia 110 habitantes.