Cubierto por la enorme roca que le da nombre, el conjunto abarca una amplia cronología que comienza en el siglo X y aparece perfectamente mimetizado con su excepcional entorno natural. En su interior destacan la iglesia prerrománica, las pinturas de San Cosme y San Damián, del siglo XII, el denominado Panteón de Nobles, la iglesia superior, consagrada en 1094, y la capilla gótica de San Victorián, pero sobre todo sobresale el magnífico claustro románico, obra de dos talleres diferentes. A todo ello hay que sumar otros edificios posteriores a los siglos medievales, entre los que cabe señalar el Panteón Real, de estilo neoclásico, erigido en el último tercio del siglo XVIII.

Los auténticos orígenes del monasterio se pierden en la oscuridad de los tiempos altomedievales y se le ha supuesto refugio de eremitas, aunque los datos históricos nos conducen a la fundación de un pequeño centro monástico dedicado a San Juan Bautista en el siglo X, del que sobreviven algunos elementos. Arruinado a fines de dicha centuria, fue refundado bajo el nombre de San Juan de la Peña por Sancho el Mayor de Navarra en el primer tercio del siglo XI. Fue este monarca quien introdujo en él la regla de San Benito, norma fundamental en la Europa medieval. A lo largo de dicho siglo, el centro se amplió con nuevas construcciones al convertirse en panteón de reyes y monasterio predilecto de la incipiente monarquía aragonesa que lo dotó con numerosos bienes.

Panteón Real San Juan de la Peña
Considerado por la tradición como la cuna del Reino de Aragón, fue parada habitual del Camino de Santiago y lugar de leyendas. Entre ellas destaca la que vincula este lugar con el Santo Grial.

Capiteles San Juan de la Peña
Una fecha significativa fue la del 22 de marzo de 1071, cuando el Monasterio de San Juan de la Peña fue el escenario de la introducción, por primera vez en la Península Ibérica, del rito litúrgico romano, seguido en toda la Iglesia de Occidente, que ponía fin al antiguo rito hispano-visigótico y suponía la acomodación definitiva de la iglesia aragonesa a las pautas marcadas por el Pontificado.

Sin embargo, a partir de la segunda mitad del siglo XII se inició una cierta decadencia que se acentuó en el periodo siguiente, y aún más a partir del siglo XIV. Fueron las características de esta época el final de las donaciones, las pérdidas patrimoniales, los múltiples pleitos ante numerosas instancias, y especialmente con los obispados donde estaban ubicadas sus propiedades (Jaca-Huesca, Pamplona y Zaragoza), las deudas, el deterioro de las construcciones por su peculiar ubicación y diversos incendios que resultaron devastadores. Con el último de ellos, en 1675, que duró tres días, se perdió la habitabilidad necesaria para la vida monacal, por lo que se planificó la edificación del Monasterio Nuevo