Tronchón fue reconquistado por Alfonso II y donado posteriormente a Gastón, maestre de la Orden de Sant Redentor, cuya sede se encontraba en
Cantavieja. En el año 1212 pasó a la Orden del Temple, con los restantes
pueblos que formaban la Baylía: Cantavieja,
Villarluengo, La Cañada,
La Iglesuela del Cid,
Mirambel y
La Cuba. El maestre Arnaldo de Castronovo concedió la carta de población en 1272, imponiendo la condición de no poder vender, enajenar, gravar tierras o posesiones del término a personas ajenas al mismo. Tronchón desempeñó un papel fronterizo importante desde su incorporación en 1277 a la Encomienda Templaria de Cantavieja. Como todo el Maestrazgo, pasó diversas vicisitudes y tuvo un papel fundamental en el desarrollo de las guerras de la Independencia y Carlistas. Es, de hecho, en el siglo XIX con las guerras carlistas cuando se populariza el nombre del Maestrazgo, ya que estas sierras se convierten en el baluarte del carlismo alzado en armas, donde destaca la figura del general rebelde Ramón
Cabrera, el tigre del Maestrazgo.