Aniñón está situado a 729 msnm en el piedemonte de la sierra de la Virgen, dentro del Sistema Ibérico, próximo al curso del río Ribota. Forma parte de la Comunidad de Calatayud y dista de la capital comarcal 16 km. Respecto a Zaragoza, se encuentra a 96 km, estando Tarazona a 103 km.
Su temperatura media anual es de 12,8 ºC y su precipitación anual 396 mm.