A principios del siglo XV fue una
ermita dedicada a
Santa Eulalia. Cuando en 1451 se abrieron los cimientos del
claustro de la
Colegiata de Santa María de
Borja, apareció escondida una imagen de la
Virgen con la inscripción "MATER MISERICORDIA" que al parecer siglos antes, había sido enterrada para protegerla en la invasión árabe. Esta imagen se ubicó en la Colegiata Santa María, pero con el tiempo fue trasladada a la ermita de Santa Eulalia, pasando a llamarse desde entonces
Santuario de Misericordia. Hasta 1578 existía sólo la ermita y la
casa del sacerdote, comenzado en esa fecha a construirse el Caserón, la
portada, el
patio, el cabildo viejo, la
iglesia, además de la
fuente redonda que hay en la
plaza.