Poco duró su esplendor, ya que once años después, el 16 de junio de 1808, durante el primer Sitio de
Zaragoza, las tropas francesas entraban en el
monasterio saqueándolo, matando al abad, al hermano cillero y a varios monjes, y robando el dinero y las piezas más valiosas de orfebrería.
Testigos del que debió ser un desigual enfrentamiento se erigen sobre la
puerta de entrada al recinto las imágenes decapitadas de la
Virgen y de varios
santos. Mejor suerte corrieron algunas de las
estatuas que rodean la
cúpula y que representan a los Padres de la
Iglesia.