La época
romana tuvo en esta parte de la vega del Queiles un lugar privilegiado para situar sus explotaciones agrícolas o villa, que están siendo estudiadas por diversos investigadores.
Los moros, seguramente los creadores del núcleo urbano que hoy es
Novallas, permanecieron aquí hasta 1610 (fecha de la expulsión de los moriscos de
Aragón). De la época musulmana proviene la magnífica red de acequias que abastecen las
huertas del
pueblo y la estructura urbana de la parte más antigua del pueblo. Es posible que la
iglesia fuera primero una mezquita y seguramente el
castillo también fue construido por los musulmanes.
La conquista de
Tarazona por Alfonso I fue en 1119, por lo que se supone que en ese año también fue tomada Novallas, tan próxima a Tarazona. De esta época debe ser el origen del nombre de Novallas, ("Novalias" del adjetivo "novalis" cuyo plural neutro es "novalia" = "lugares nuevos", o sea, repoblados por los navarros, aragoneses y francos traídos por Alfonso I)y que se asentaron en el burgo de
San Miguel fundado pocos años después de la conquista. El Castillo, de origen musulman con toda seguridad, aunque no se han hallado restos, estubo en poder de los templarios desde 1134 hasta comienzos del siglo XIII.
Los moros siguieron viviendo en Novallas mientras que las primeras
familias cristinas ocuparon el
barrio de San Miguel, en donde hubo hasta hace poco una hermita. Esta hermita estaba junto a un
convento de monjes que existió en este barrio, y del que se han encontrado restos de su
cementerio.
La expulsión de los moriscos en 1610 dejó el pueblo prácticamente vacío (quedaron 8 familias cristianas), perdiendo Novallas su categoría de lugar para pasar a la de aldea.