San Juan podría tener su origen en la conquista de
Zaragoza por las tropas de Alfonso I de
Aragón y la publicación de la carta de colonización invitando a poblar una determinada tierra de Zaragoza, que estaba limitada por Osera de Ebro al este,
Zuera al norte, Sobradiel al oeste y Cariñena al sur. Al capitular las tropas árabes, estas permanecieron en sus tierras, que eran las más fértiles. Esta era
San Juan de Mozarrifar, y el sistema de riegos usado por los árabes permanece útil hasta nuestros días.
Las primeras documentaciones sobre el término aparecen en 1129, cuando un tal Raimundo Galindo compró una viña a Abin Xarif, situada en el
barrio. En esta documentación se hace referencia a la riqueza agrícola de la zona así como a la escasa población.
Respecto a la evolución del nombre, el barrio aparece en su primer documento como 'Mezazal', que evolucionaría hasta 'Mozarrifar'. Tras haber expulsado a los musulmanes, probablemente se le añadiría la partícula 'San Juan de' para manifestar su cristianización.