La Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de San Sebastián de La Gomera cambió la orientación de la primitiva ermita por el alineamiento este-oeste. La primera construcción sirvió de capilla mayor y desde ella arrancó, a través de un gran arco, una única nave rematada por la fachada. Fachada y arco son las únicas muestras del primitivo templo que todavía hoy pueden ser contempladas. Los ataques piráticos impidieron cualquier reforma a partir de 1571; desde esa fecha se reparará lo destruido o lo incendiado. Los argelinos que arrasaron la Villa de San Sebastián de La Gomera en 1571, dejaron en pie sólo las paredes de la iglesia. Durante más de cincuenta años no se harán obras de importancia en el templo por miedo a que nuevos ataques pudieran destruir cualquier edificación. Mientras, el culto se hacia bajo cobertizos.