Hasta 1627 no se cubren la
capilla y las naves laterales recién levantadas. El pavimento no llega hasta 1638 y la sacristía acaba por derrumbarse sin remedio en 1659 por unas avenidas de
agua que anegaron el templo y que se repitieron en la década siguiente. Un informe redactado por el visitador Álvaro Gil de Acevedo (1686) cuenta, entre otras cosas, cómo las telas estaban podridas y que la
iglesia presentaba en general un aspecto decrépito. De esta época es un
coro ya desaparecido, cuya copia se encuentra hoy en la
parroquia de
Vallehermoso.