El último
retablo, el de
San Juan Nepomuceno (hacia 1779) (O), copia la estructura del de San Miguel. Su decoración rococó se completa con una ornamentación pictórica en la parte inferior que incluye, cosa rara,
paisajes. El cuadro superior, el del Nacimiento (siglo XVII) perteneció a la
iglesia anterior. Este retablo conserva en los bajos las marcas de las inundaciones que sufrió el templo en los años que han pasado desde que fue construido. La restauración del templo de Nuestra Señora de la Asunción de
La Gomera en 1979 se vio acompañada por una prospección arqueológica bajo el pavimento de la iglesia. Catas que dieron a conocer algunos aspectos sorprendentes de la construcción. Se descubrieron, por ejemplo, numerosos enterramientos a lo largo de toda la iglesia. Bajo el crucero, se localizaron las tumbas de los viejos señores de La Gomera; en las
capillas laterales y delante de algunos
retablos, aparecieron los restos de jefes de milicias de La Gomera, de
familias protectoras, de cofrades y de otros personajes ilustres. Al final de las naves, se encontraron los restos de personas sin condición social en una época en la que las
iglesias ocupaban el lugar de los
cementerios como lugar de enterramiento general.