El
retablo mayor, en estilo plateresco, es notable por sus múltiples nichos. En uno de ellos, y en el centro del retablo, se encuentra la imagen titular de
San Marcos Evangelista, pequeña talla
gótico-flamenca que según la
tradición, apareció en las costas del menceyato de Icoden antes de la conquista; es, por tanto, la más antigua de cuantas se conservan en
Tenerife. En las otras
hornacinas se encuentran
esculturas de gran categoría: Imagen de San Diego de Alcalá en el milagro de las
flores (de Juan Alonso Villabrille, madera estofada y policromada, ca. 1707), obra maestra que había sido atribuida al granadino Pedro de Mena y que algunos especialistas consideran como una de las mejores obras de la
escultura española de todos los tiempos. El
Cristo Vivo, de José de Arce. El grupo de San José y el Niño, de Martínez Montañés. El Nazareno, de Martín de Andújar. El Señor de la Humildad y Paciencia, de Alonso de la Raya. La
Virgen del Rosario, de Fernando Estévez. Cristo Crucificado, talla ejecutada en pasta de maíz por los indios tarascos, de
México. El gran cuadro de Las Ánimas (s. XVIII) es obra de José Tomás Pablo, natural del
Puerto de la
Cruz; otras pinturas del templo son un cuadro de
Santa Ana y otro de la Asunción.