La zona sobre la que actualmente se asienta
San Andrés ha sido objeto de ocupación humana desde épocas guanche, desde hace aproximadamente 2000 años, según atestiguan los yacimientos arqueológicos encontrados (como la célebre Momia de San Andrés,
cuevas con algunos restos de animales momificados y
piedras con grabados rupestres). Esta región pertenecía al Menceyato guanche de Anaga, siendo uno de los lugares que concentraban mayor población por su abundancia de
agua y pastos.
Después de la conquista de la isla por Alonso Fernández de
Lugo en 1496, el primer vecino y fundador de San Andrés fue Lope de Salazar en 1498, al obtener datas en el
valle. Junto a él llegaron su hermano Sancho, su esposa Lucía y otros parientes. La propiedad de sus tierras le fue concedida por el propio Adelantado como contrapartida a su ayuda en la conquista e incorporación de la isla a la Corona de Castilla.
La localidad de San Andrés creció alrededor del
castillo y la
iglesia y se extendió hasta llegar a cubrir los 20,9152 km² actuales. Hoy en día San Andrés sigue en pleno crecimiento, sobre todo por la parte norte de la localidad, lo que se conoce como "El Cercado" y "El Regente".