En las medianías y cumbres se desarrollan el fayal-brezal y el
pinar de, mientras que en las áreas más elevadas del municipio se encuentran matorrales de retama del Teide, rosalito de cumbre y alhelí del Teide. El municipio cuenta con uno de los
árboles monumentales de interés insular de
Tenerife, el conocido como
Pino del
Molino de Viento, ejemplar de pino canario de 25 metros de altura y un perímetro de 512 centímetros.
San Juan de la Rambla cuenta con parte de los espacios naturales protegidos del
Paisaje Protegido de Campeches, Tigaiga y Ruiz, del Sitio de Interés Científico del Barranco de Ruiz, del
Parque Natural de la Corona Forestal y del
Parque Nacional del Teide. Todos estos espacios se incluyen además en la Red Natura 2000 como Zonas Especiales de Conservación y Zonas de Especial Protección para las Aves.
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