En las medianías y cumbres se desarrollan el fayal-brezal y el
pinar de Pinus canariensis, mientras que en las áreas más elevadas del municipio se encuentran matorrales de retama del Teide Spartocytisus supranubius, rosalito de cumbre Pterocephalus lasiospermus y alhelí del Teide Erysimum scoparium. El municipio cuenta con uno de los
árboles monumentales de interés insular de
Tenerife, el conocido como
Pino del
Molino de Viento, ejemplar de pino canario Pinus canariensis de 25 metros de altura y un perímetro de 512 centímetros.
San Juan de la Rambla cuenta con parte de los espacios naturales protegidos del
Paisaje Protegido de Campeches, Tigaiga y Ruiz, del Sitio de Interés Científico del Barranco de Ruiz, del
Parque Natural de la Corona Forestal y del
Parque nacional del Teide. Todos estos espacios se incluyen además en la Red Natura 2000 como Zonas Especiales de Conservación y Zonas de Especial Protección para las Aves. Asimismo, la franja litoral entre la zona de Las Puntas, en
La Guancha, y la punta del Guindaste, en
Los Realejos, está declarada Zona Especial de Conservación por la presencia de hábitats de
cuevas marinas sumergidas o semisumergidas. El municipio cuenta además con el
Monte de Utilidad Pública denominado Pinar.
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