Vilaflor conserva importantes extensiones de
pinar de
pino canario Pinus canariensis, que crecen desde las proximidades del área urbana hasta los 2 370 msnm, donde el pino convive con la retama del Teide Spartocytisus supranubius. En la zona de cumbres más elevadas se desarrollan matorrales de alta
montaña compuestos por las retamas del Teide antes mencionadas, los alhelíes del Teide Erysimum scoparium y los rosalitos de cumbre Pterocephalus lasiospermus. En las áreas próximas a los núcleos urbanos abundan los matorrales de sustitución de la vegetación natural, componiéndose de jaguarzales de Cistus monspeliensis y escobonales de Chamaecytisus proliferus. En el municipio destacan varios
árboles catalogados como monumentales: el Pino Gordo, el Pino de las Dos Pernadas, el Pino del
Valle de Ucanca, el Pino de los Hoyitos y el Pino de los Llanitos o del Hermano Pedro, todos ellos grandes ejemplares de pino canario; así como el Cedro de Wildpret o del
Frontón, ejemplar de cedro canario Juniperus cedrus.