El cementerio de Comillas se ubica en el lugar de una iglesia parroquial del siglo xv o XVI. 2​ El lugar fue abandonado tras un incidente en una misa: cuenta la tradición que, entrado el siglo xvi, el templo donde actualmente se sitúa el cementerio fue abandonado por la población tras un percance suscitado durante la misa mayor de un domingo entre varios vecinos y el administrador del duque del Infantado, por la cesión de unos asientos reservados a los feudatarios de estas tierras. Estos hechos eran la continuación del enfrentamiento y hastío del pueblo contra el Duque del Infantado. Hartos de sufrir la opresión y continuos desprecios de dicho duque, se rebelaron ya abiertamente contra el administrador, el Duque y el párroco. Todos a una los feligreses juraron no volver a pisar la iglesia y decidieron abandonarla, lo que derivó en un “pleyto” entre el Duque y la Iglesia de un lado y el Pueblo de otro. La Iglesia, sintiéndose injuriada, mandó sancionar al pueblo de Comillas con la excomunión y entredicho, motivo por el que durante cerca de un año no pudiesen recibir los Santos Sacramentos, hasta que la intervención del regidor de la villa, bajo juramento, acordó con sus convecinos construir un nuevo templo en el que no existieran privilegios si se les levantaba la pena, a lo que la Iglesia accedió pidiendo para conseguir el perdón, que en señal de penitencia los hidalgos y pecheros del municipio fuesen a la iglesia un domingo en procesión vestidos solamente de jubones, desnudos de cintura para arriba pero con dogal y con coroza, mientras el pregonero declare sus delitos.
La construcción de la nueva parroquia se comenzó veinticinco años después. Durante este tiempo, los oficios religiosos se celebraron en la ermita de San Juan.

(20 de Julio de 2023)