Alcaraz tiene la peculiaridad de encontrarse en cuatro cuencas hidrográficas (Guadalquivir, Guadiana, Júcar y Segura), siendo uno de los pocos lugares de la geografía española con esta singularidad, constituyendo así uno de los puntos del divortium aquarum peninsulares.
Cuenca hidrográfica del Guadalquivir; el
río principal de Alcaraz es el Guadalmena (al sur de la población), conocido durante el califato por autores como Xams al-Din o Abu-l-Fida, como "Alto Guadalquivir" (en árabe, الوادي الكبير عالية), está formado por la unión del Río de
la Mesta y el Río del Escorial, en el paraje de Los Batanes. A este tributa el río del Horcajo (que a su vez recibe la afluencia de los arroyos de Cortes y del Piojo, al norte de la población). El río Guadalmena es afluente del río Guadalimar, y este a su vez afluente del río Guadalquivir. Hay que tener en cuenta que una de las tesis geográficas del nacimiento del Guadalquivir sitúan aquí dicho nacimiento, concretamente una de las teorías históricamente planteadas indica que el río Guadalimar-Guadalmena es, geológicamente hablando, el río tectónico y originario, que corre por una falla y da lugar al
valle principal.