También desaparece el priorato de la Orden de San Juan que durante ocho siglos marcó la vida de estas tierras. Desde este momento Alcázar de San Juan empieza a pertenecer jurídicamente a la provincia de Ciudad Real, cuando históricamente perteneció a la de Toledo. En 1835, con la desamortización de Mendizábal, los bienes de la Iglesia son subastados y la iglesia de Santa María la Mayor deja de ser Colegiata desapareciendo el Cabildo de San Pedro y San Pablo. También desaparecen la universidad y el convento de San Francisco de Asís, al igual que el regentado por los padres trinitarios; únicamente permanece abierto el monasterio de Santa Clara, por ser los custodios del Voto de la Villa a la Inmaculada Concepción de María.