En tiempos prerromanos, junto a la
laguna se encontraba una población íbera de alrededor de cien habitantes en el cerro de la
Nieve, donde se han podido hallar varias muestras de
escultura ibérica. De igual modo, se han encontrado vestigios íberos en Vezejate, cerca del
río Záncara, al sureste de la localidad en el término municipal de
Socuéllamos.
Más tarde fue ocupada esta zona por los
romanos, cuya población más importante y más cercana, por aquella época, sería seguramente Alces, la actual
Alcázar de San Juan. Por aquí pasarían dos importantes calzadas
romanas, la de Complutum a Cartagonova y cerca pasaría la de Corduba a Tarraco. Además dejarían como patrimonio un
puente romano sobre el río Záncara perteneciente a la primera calzada. 15 En época republicana esta zona se enmarcó dentro de la Hispania Citerior, en época augusta pasaría a llamarse Citerior Tarraconensis o simplemente Tarraconensis en la nueva división de la península. También en la misma época pasaría al conventus iuridici carthaginensis (
convento jurídico) 16 con sede en Carthago Nova que era una de los siete conventus de la Tarraconensis. Más adelante, en el siglo III d. C., época del Bajo Imperio, se haría una nueva división en la que esta zona pasaría a formar parte de la provincia Carthaginensis.
A partir del siglo IV ocuparon la zona los alanos y poco después los visigodos, en el siglo VIII los musulmanes y finalmente, en el siglo XIII, los repobladores llegados de Castilla que fundarían la aldea bajo el priorato de Uclés, filial de la orden de Santiago.
Municipio de la Orden de Santiago, fundado a finales del siglo XIII, por el maestre de dicha Orden,
Pedro Muñoz, para reforzar la situación de la Orden con respecto al Realengo de Alcaraz. En el siglo XIV, forma parte del Común de la Mancha, dentro del Priorato de Uclés. Alrededor del 1410, el
pueblo es abandonado por causa de la pestes que azotan los lugares con humedales, los
pueblos limitrofes se reparten los términos.
En 1324 Alfonso XI le concedió el Privilegio de Villa, en el Capítulo General celebrado en Mérida. Pero casi un siglo después, en el año 1410, la villa sería abandonada por las pestes que azotaban las yermas tierras de Castilla causando estragos sobre todo en las zonas con humedales, la laguna de la villa se estaba secando dividiéndose un
lago en tres, haciendo que las tierras cercanas a éste fueran una zona muy propensa a las enfermedades. Tras esto los pueblos de alrededor se repartirían su territorio.
En el mismo año de la concesión del Privilegio de Villa (1324) el consejo de la villa recibió una carta-privilegio otorgada por la Orden
Militar de Santiago al Consejo de la villa. Al parecer hubo un
castillo o
torreón en el municipio que actualmente se encuentra desaparecido aunque se piensa que pudiera estar en la otra orilla del río Záncara en la "
Casa de la
Torre" o en el "cerro de la Nieve". Este último fue un castro iberoromano y pudo ser aprovechado por los aldeanos para construir el castillo, además de hallarse tumbas
medievales lo que hace que sea la hipótesis más acertada. Además, el Doctor Zarco afirmó que el castillo se encontraba en este cerro y parece coincidir con Salvador Medina que asegura la existencia de dicho castro en el cerro
En 1410 queda abandonado el municipio por las enfermedades que provocaban la desecación de las
lagunas.
En 15257 fue cuando se comenzó de nuevo a repoblar la villa por una
familia conquense, de apellido Mayordomo. El padre de familia, Juan Mayordomo, se animó a ir hasta la villa abandonada convencido de establecerse allí con su familia, animado a su vez por lo que había oído sobre la fertilidad de sus tierras y el hecho de tener que abandonar su antigua aldea, Cervera del Llano, por enfrentarse al marqués de Villena. A Juan le pareció muy injusta y elevada la nueva subida de impuestos que exigía el marqués en forma de tributo por lo que tenían dos opciones, acatar el impuesto o irse. Al llegar con su familia eligió la casa mejor conservada y la reformaron. Con el paso del tiempo se fueron amoldando a vivir allí y poco a poco iban conociendo los alrededores. Más tarde empezaron a explotar algunas tierras en desuso y Juan Mayordomo decidió salir de la villa para contarles a sus familiares que este era un lugar apropiado y acogedor para asentarse y convencerles de que corrieran la voz para que llegaran más habitantes. Los familiares de Juan se encargaron de propagar el
mensaje de éste y resultó, ya que al poco tiempo, llegó otra familia. De aquí en adelante empezaron a llegar poco a poco más habitantes y de este modo el pueblo fue tomando vida y dinamismo. Juan se convertiría así en el primer alcalde del municipio por su capacidad de liderazgo.
En 1527, comienzan a repoblarse estas tierras, por parte de la gente de la serranía conquense, y en 1531, la emperatriz Isabel, reconoce los derechos de sus habitantes, queda entonces en el Partido de Ocaña, dentro de la Provincia de Castilla, y así, en el siglo XVIII, es uno de los pueblos de la provincia de
Toledo, junto con la Mota, y no de la Mancha. No es hasta 1833, cuando pasa a formar parte de la provincia de
Ciudad Real.
El pueblo tampoco fue ajeno a los acontecimientos del siglo XVIII, de fiebres palúdicas, a los levantamientos y motines de la provincia de Toledo de principios del XIX, al catastro de Ensenada y desamortización de Godoy (cuyos datos y archivos se encuentran en Toledo), a la implantación generalizada del viñedo, y retroceso de la horticultura y de los cereales, a las desamortizaciones de Mendizabal y Pascual Madoz, y como no a la Guerra de
Cuba, al caciquismo, a la Proclamación de la República, a la Guerra Civil con su represión, y la instauración del orden Constitucional.
En 1833 se cambia el nombre de la provincia de la Mancha por el de Ciudad Real trasladándose la capital a la ciudad homónima, por lo cual, Pedro Muñoz pertenece a la provincia de Ciudad Real desde entonces. En 1836 la localidad fue conquistada efímeramente por el comandante carlista Miguel Gómez Damas durante la expedición Gómez. En el año 1854 se terminó de construir las
vías férreas en Alcázar de San Juan,
Campo de Criptana, Pedro Muñoz y Socuéllamos hasta llegar a
Albacete en marzo de 1855.
A mediados del s. XX, Pedro Muñoz era considerado en la zona como el pueblo con más vehículos por habitante, por lo que, en 1952 se fundó la Hermandad de San Cristóbal. Los camioneros del pueblo (de considerable número debido a la industria del municipio) llevan a hombros a San Cristóbal hasta su
ermita tras haber hecho una
procesión junto a un convoy de camiones haciendo honor al patrón.
El 12 de agosto de 2007 un seísmo de magnitud 5,1 en la escala Richter y con epicentro en el término municipal de Pedro Muñoz se sintió en casi toda la península Ibérica pudiéndose sentir en más de doce comunidades autónomas sin causar daños estimables (solo se hundió una parte del
teatro municipal de Almagro, a más de noventa kilómetros de distancia), al quedar el punto exacto del seísmo a casi diez kilómetros de profundidad
Actualmente forma parte de la comarca de Alcázar de San Juan, siendo junto a
Arenales de San Gregorio los únicos pueblos que no limitan con su término. Siendo en realidad un pueblo próspero y dinámico, pero que a buen seguro lo sería más si no hubiese sido por los habitantes del siglo XIX, que evitaron el paso por Pedro Muñoz del
tren, transporte que transforma la población por donde pasa. Por esto es por lo que surje Rio Záncara, en el término de
Tomelloso, pero vinculado historicamente con Pedro Muñoz.