Fue en el Instituto que Bakhita conoció de verdad a
Cristo y que "Dios había permanecido en su corazón", por lo que le había dado fuerzas para poder soportar la esclavitud, "pero recién en ese momento sabía quien era". Recibió al mismo tiempo el bautismo, la primera
comunión y la confirmación, el 9 de enero de 1890, por manos del Cardenal de Venecia. Tomó el nombre cristiano de Josefina Margarita Afortunada.