Antiguos acompañantes han reaparecido en la serie, normalmente en especiales de aniversario. Una antigua acompañante, Sarah Jane Smith (Elisabeth Sladen) junto con el perro robótico K-9, reapareció en un episodio de la serie moderna en 2006, más de 20 años desde su anterior aparición en el episodio del vigésimo aniversario The Five Doctors (1983), y aparecería después en varias ocasiones más. En la temporada de 2007, Freema Agyeman interpreta a Martha Jones, acompañante del Décimo Doctor, una estudiante de medicina.[39] La acompañante del Doctor en 2008 es Catherine Tate, que interpreta a Donna Noble, que aparece por primera vez en el especial de Navidad de 2006 vestida de novia, tras haber sido arrastrada por accidente fuera de su boda hasta la TARDIS, con el Doctor tratando por todos los medios de devolverla al lugar donde pertenece. Los primeros acompañantes del Undécimo Doctor fueron Amy Pond (Karen Gillan), Rory Williams (Arthur Darvill) y ocasionalmente River Song (Alex Kingston), cuya identidad y relación con el resto de personajes se convierte en uno de los misterios de la trama que se desvelan a mediados de la temporada 6. Como curiosidad, al principio parece que se repite el patrón que con Freema Agyeman. Karen Gillan también había aparecido en un episodio anterior interpretando otro papel.
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