Algunos adversarios notables del Doctor son Autones, los Cybermen, los Sontarans, los Demonios Marinos, los Guerreros de Hielo, los Yetis, los Silurians, los ángeles llorosos, los Slitheens y el Amo. Sin embargo de todos los monstruos y villanos, los más representativos de la serie son los Daleks, seres mutantes con una armadura mecánica del planeta Skaro; lo que les da apariencia de maquinas. Se les reconoce por su voz metálica y su grito " ¡Exterminar!" que pronuncian repetidamente. Davros, el creador de los Daleks, también se convirtió en un villano recurrente tras su primera aparición en el serial Genesis of the Daleks (1975).