Seleccionada por la NASA en enero de 1998 como la primera Educadora Astronauta, Morgan se reportó al Centro Espacial Johnson en agosto de 1998, para entrenar a tiempo completo como astronauta. Completando con dos años más de entrenamiento y evaluación, fue asignada a tareas técnicas en la Rama de Operaciones de la Oficina de Astronautas de la Estación Espacial CAPCOM, trabajando en el Control de Misión como Comunicador Primario con Tripulaciones en Órbita