Su hijo Hernán Ruiz el Joven, el gran arquitecto de la saga de los Ruiz, manifiesta ya claramente la formulación clasicista en la nueva nave, que hará evolucionar el estilo, y es el artífice de las más notables magnificencias de esta nave. También de muchas de las capillas y rejería. Después de cien años de obras la nueva nave de la Catedral serán concluida con principios estéticos manieristas, como puede verse en la cúpula del crucero del maestro Juan de Ochoa, o la formulación de la bóveda con lunetos del Coro que anuncia los prolegómenos del arte barroco, donde los criterios estéticos ya van claramente por otros derroteros a los del Renacimiento (yeserías, luces y sombras, escenografías, etc.).