Tras esta gran reforma del siglo XVI, la antigua mezquita solamente recibirá aditamentos menores y complementos de liturgia. A pesar de los avatares de la Historia, la antigua mezquita pervive en su esencia islámica, con la singularidad de los elementos básicos. No obstante, superado el empeño decimonónico por subrayar el elemento islámico, se trata de un híbrido arquitectónico que sintetiza una buena parte de los valores artísticos de Oriente y Occidente. Desde esa perspectiva, la Mezquita-Catedral representa una síntesis de los vaivenes de la historia de España.