El 8 de octubre de 1989 fue indultado por el presidente Carlos Menem, junto a otros 64 ex integrantes de organizaciones guerrilleras y a los militares acusados de violaciones a los Derechos Humanos. Juan Gelman rechazó la medida y protestó públicamente contra ella a través de una nota publicada en el diario Página/12:
Me están canjeando por los secuestradores de mis hijos y de otros miles de muchachos que ahora son mis hijos.
Me están canjeando por los secuestradores de mis hijos y de otros miles de muchachos que ahora son mis hijos.